夏のご愛顧感謝キャンペーンは店舗の購入でも対象になりますか？

はい、対象になります。

6月16日以降の直営店舗でのご購入で、以下のご購入金額がプレゼントの対象となります。
◆12,000円（税込）以上
ファンケル オリジナル「保冷バック」
◆16,000円（税込）以上
上記に加えてファンケル オリジナル「ステンレス　ペットボトルホルダー」